Masih banyak orang bahkan termasuk orang kristen sendiri yang belum mengerti apa itu gereja, mereka menganggap gereja itu adalah sebuah bangunan, organisasi ataupun tempat ibadah, hal ini disebabkan oleh suatu pemikiran bahwa kekristenan itu adalah sebuah agama sama seperti agama-agama lain yang juga memiliki organisasi dan bangunan sebagai tempat ibadah. Istilah "gereja" dalam bahasa Yunani adalah "ekklesia" yang juga seringkali diterjemahkan sebagai jemaat, umat Allah ataupun orang-orang percaya di dalam Alkitab. Pemahaman ini sangat penting sebab Allah memandang gereja sebagai perwakilan kerajaanNya di dunia ini, Allah memandang gereja sebagai bangsa yang terpilih, imamat yang rajani, bangsa yang kudus, umat kepunyaan Allah sendiri, dengan tujuan untuk memberitakan perbuatan-perbuatan yang besar dari Dia, yang telah menyelamatkan mereka dari kegelapan kepada terangNya yang ajaib (1 Pet 1:9-10).
Jadi mengapa ada organisasi gereja? Alkitab menyatakan bahwa ketika jumlah murid atau orang percaya semakin bertambah banyak, timbul persoalan dalam hal pelayanan terhadap jemaat yang membutuhkan bantuan (janda-janda, orang miskin, yatim piatu, dan sebagainya), sebab para rasul fokus pada doa dan pelayanan firman, oleh sebab itu dibentuklah suatu tim yang terdiri dari 7 orang untuk melayani segala persoalan tersebut (Acts 6:1-7). Hal ini jelas bahwa gereja itu tidak bersifat individual tetapi suatu komunitas umat Allah, dan tidak diragukan lagi bahwa di dalam suatu komunitas pastilah banyak persoalan yang bisa timbul, disinilah tujuan utama perlunya suatu organisasi untuk mengatasi segala persoalan itu. Jadi organisasi gereja adalah suatu lembaga untuk melayani kebutuhan dan menyelesaikan berbagai persoalan di dalam suatu komunitas jemaat Allah, baik dalam hal rohani maupun jasmani, seperti pelayanan pengajaran firman Allah, doa, konseling, pernikahan, kematian, penghiburan, makanan, kesehatan, dan lain-lain.
Masalahnya, seringkali organisasi gereja lebih berfokus untuk mengembangkan organisasinya daripada jemaat (gereja) itu sendiri, hal ini disebabkan dengan adanya ajaran yang salah bahwa seolah-olah organisasi gereja adalah manifestasi dari kerajaan Allah di dunia ini, sedangkan Alkitab menyatakan bahwa kerajaan Allah itu ada di dalam umatNya secara rohani (Luke 17:20-21). Visi Allah jelas, yaitu supaya gereja memberitakan perbuatan-perbuatan besar dari Allah agar dunia ini juga bisa mengenal Dia dan diselamatkan (1 Pet 1:9b). Sedangkan organisasi gereja yang umumnya dipimpin oleh rasul, nabi, penginjil, gembala, ataupun pengajar, bertanggung jawab untuk mempersiapkan dan mendewasakan jemaat sampai mengalami kepenuhan Kristus (Eph 4:11-16). Hanya ada satu tanda bahwa organisasi gereja tidak berfungsi sebagaimana seharusnya, yaitu jika umat Allah gagal atau tidak mau menjadi saksi Kristus dan kerajaanNya di dunia ini, oleh sebab itu jemaat juga tidak seharusnya bergantung pada organisasi, tetapi juga dengan kesadaran pribadi terus hidup di dalam Dia, berakar di dalam Dia dan dibangun di atas Kristus (Col 2:6-10).